Die Zeit, die heute in erster Linie touristisch vermarktet wird, liegt noch gar nicht so lange zurück: zwischen 1903 und 1957 wurde auf der nur 440 m langen und maximal 250 m breiten Insel eine Leprakolonie "eingerichtet", d.h. die an Lepra erkrankten Griechen wurden auf die Insel deportiert und sich dort größtenteils ihrem Schicksal überlassen.
Zunächst besiedelten die Kranken die Reste der Gebäude, die von muslimischen Siedlern aus früherer Zeit übrig geblieben waren.
Im Laufe der Zeit begriffen die Ausgestoßenen jedoch die Vorteile ihrer Gemeinschaft auf der Insel: hatten sie davor zumeist außerhalb von Städten in Höhlen und auf der Straße leben müssen, so hatten sie auf Spinalonga erstmals die Möglichkeit, sich ein eigenes vorurteilsfreies Zusammenleben aufzubauen.
Es wurden aus Überresten früherer Besiedlung neue Häuser errichtet, ein Spital und sogar eine Grundschule erbaut, als Bürgermeister wurde der regelmäßig visitierende Arzt gewählt, der fortan für weitere Vergünstigungen von Seiten des Staates sorgte.

- Das Krankenhaus
Ehen wurden geschlossen, Nachkommen gezeugt, wobei gesund geborene Kinder allerdings sofort nach der Geburt nach Athen in ein Waisenhaus gebracht wurden. Es hatte sich ein in sich geschlossenes Siedlungssystem entwickelt.

- Der Friedhof

- Desinfektionskammer
Nachdem 1947 der Durchbruch in der antibiotischen Behandlung von Lepra gelang, wurden die Fälle mit leichteren Krankheitsstufen aufs Festland zur Behandlung gebracht. 1957 wurden auch die übrigen Bewohner abgesiedelt, die Erkrankung war medikamentös behandelbar geworden. Viele wollten jedoch die zur Heimat gewordene Insel gar nicht mehr verlassen. Einige der Bewohner leben heute noch in den umliegenden Dörfern auf Kreta.
Die Insel stand lange Jahre als Sperrgebiet unbewohnt, später wurde sie desinfiziert und für den Tourismus geöffnet. Inzwischen werden die verfallenden Gebäude aufwendig restauriert.
Paranormale Betrachtungsweise:
Sicherlich sind auf Spinalonga einige dramatische Ereignisse vorgefallen, die - so man der Theorie Glauben schenkt - ihre "Echos" gespeichert haben könnten. Allerdings findet man bei der heutigen touristischen Nutzung nur wenige ruhige Stellen, an denen man dem nachspüren könnte. Eine nächtliche Investigation ist - obwohl durchaus interessant - organisatorisch doch sehr fraglich, da die Insel als Museum eingestuft wurde, viele Gebäude aus Sicherheitsgründen gesperrt sind. Im Netz sind keinerlei paranormale Geschehnisse hinterlegt, möglicherweise auch von den Behörden so gewünscht, da man den Denkmalstatus erhalten möchte.
Ein Besuch für Interessierte empfiehlt sich jedoch allemal, die Überfahrt (ca. 15 Minuten pro Weg) wird im Hafen von Elounda für etwa 10 Euro hin und zurück alle 30 Minuten angeboten, der Eintritt kostet für Erwachsene 2 Euro. Führungen kosten natürlich extra, wobei man die Örtlichkeit besser auf eigenen Wegen auf sich wirken lassen sollte.